EAÜ kõrgeimaks juhtimisorganiks on liikmete üldkoosolek. Korralised üldkoosolekud toimuvad vähemalt kord aastas. Üldkoosolek valib 3 aastaks juhatuse.
EAÜ üldkoosolekul, mis toimus 01.07.2020, otsustati valida EAÜ juhatusse järgmised isikud:
- Vaiko Eplik - juhatuse esimees
- Virgo Sillamaa
- Juko-Mart Kõlar
- Kadri Sundja
- Kirke Karja
- Karl-Ander Reismann
- Jaan Jaago
Samal EAÜ üldkoosolekul valiti EAÜ revisjonikomisjon, kuhu kuuluvad:
- Tajo Kadajas - revisjonikomisjoni esimees
- Imre Sooäär
- Margo Kõlar
EAÜ tegevuse vahetuks elluviijaks on EAÜ Büroo, mida juhib tegevdirektor Kalev Rattus.
