EAÜ kõrgeimaks juhtimisorganiks on liikmete üldkoosolek. Korralised üldkoosolekud toimuvad vähemalt kord aastas. Üldkoosolek valib 3 aastaks juhatuse.
EAÜ üldkoosolekul, mis toimus 01.07.2020, otsustati valida EAÜ juhatusse järgmised isikud:
- Vaiko Eplik - juhatuse esimees
- Virgo Sillamaa
- Juko-Mart Kõlar
- Kadri Sundja
- Kirke Karja
- Jaan Jaago
- Karl- Ander Reismann
Samal EAÜ üldkoosolekul valiti EAÜ revisjonikomisjon, kuhu kuuluvad:
- Imre Sooäär- revisjonikomisjoni esimees
- Tajo Kadajas
- Margo Kõlar
EAÜ tegevuse vahetuks elluviijaks on EAÜ Büroo, mida juhib tegevjuht Mati Kaalep.
